민사소송에 의한 구제중에 수자원환경오염유발행위를 중지시키는 목적의 유지청구절차는 장래 발생할 수 있는 환경오염피해를 미리 방지 또는 예방하고 이미 발생한 환경오염을 제거하는 데 있어서 피해자에게 가장 유용한 수단이 될 수 있지만, 상대적으로 가해자에게는 사업을 중지시키고 공장가동을 중단시켜버리는 등의 막대한 손해를 초래하게 될 수 있다는 점 때문에 위법성을 판단함에 있어서 신중해 질 수 밖에 없고, 또한 위법성이 있다고 하더라도 수자원환경오염피해를 예방하는 효과와 국가사업, 개인사업이나 공장가동을 중지시킴으로써 발생하는 손실사이의 이익교량을 통하여 유지청구절차를 인용하게 되기 때문에 한계가 있게되는 경우가 많다.
또한 민사상의 손해배상청구절차를 보면 이 절차는 수자원환경오염의 발생원인자에게 배상책임을 지움으로써 심리적으로 수자원환경오염행위를 억제시키는 작용을 하며 또한 사후적으로 피해자의 구제수단으로서 보편적인 방법이라고 할 수 있다. 그러나 이 절차도 수자원환경오염의 특수성으로 인해 상당한 제한을 받게 된다. 즉 수자원환경오염의 원인규명이 곤란하며, 피해자범위가 매우 광범위 한 경우가 많다는 점 때문에 개인주의적인 시민법 원리에 의해서는 대처하기가 어렵다. 또한 사후적 구제절차인 경우에 해당하므로 수자원환경오염행위를 사전적으로 예방하기에는 어려움이 있다. 더 나아가 개별원고가 법원에 제소함으로서 권리구제를 받을 수 있는 체제로 되어 있기 때문에 동일한 피해를 받은 자가 다수 존재할 경우에도 소송을 제기한 당사자가 아닌 피해자들은 구제를 받지 못할 수 있다. 또 피해자의 수자원환경정보에 대한 접근이 보장되어 있지 않고, 수자원환경오염원인등을 조사함에 있어 고도의 전문적 기술적 지식이 요구되고, 소송진행에 많은 시간과 경비가 소요되게 된다.
한 예로 1972년 진해화학에 의한 수질오염으로 김양식장을 망친 어민들이 제기한 손해배상청구소송은 14년만인 1986년 10월에야 비로소 최종판결이 내려졌고, 이 과정에서 그 동안 재판비용을 감당하지 못해 소송을 중도에서 포기한 어민도 있었고, 장기간 소송이 진행되는 도중 자살한 어민도 2명이 있었다.
수자원환경보전이라는 측면에서 보더라도 현재의 소송체계는 한계성을 가지고 있다. 수자원환경소송을 통하여 수자원환경을 오염시키는 가해자에 대하여 손해배상에 대한 두려움을 야기시킬 수 있고 수자원환경을 오염시키는 물질의 배출방지를 위한 유지청구를 통하여 수자원환경오염의 방지에 간접적인 영향을 미칠 수는 있으나 수자원환경오염자체를 원인적으로 배제하여 수자원환경보전을 꾀하기에는 어려움이 있다는 것이다.
예컨대, 어떤 기업이 배출한 공장폐수로 인하여 강물이 심하게 오염되어 강물에서 물놀이나 고기잡이를 할 수 없게 되었다고 할 지라도 그 때문에 생명이나 신체 또는 재산권의 침해가 발생하였다면 소송절차를 통해 구제를 해 볼 수 있을 것이나, 그렇지 않다면 폐수를 배출하는 기업을 상대로 손해배상을 청구하거나 배출행위의 중지를 청구하기는 어렵다는 점에서 수자원환경을 보존함에 있어 현재의 소송절차가 한계성을 가지고 있다는 것이다.
이러한 현재의 수자원환경소송절차의 한계점을 보완하기 위하여는 환경분쟁조정절차를 활성화하고, 소송구조를 통해 영세 피해자를 도와야 할 것이며, 또한 수자원환경오염으로 인한 피해보상을 위한 환경오염배상책임보험을 효율적으로 시행하여야 할 것이고, 또한 집단소송제도의 도입을 검토하여야 할 것이라고 본다.
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